сдаю пустые декларации по НДС в электронном виде. нужно ли подавать пустой реестр налоговых накладных?

С пустой НДС-декой не подается 5 додаток. Реестр нужно подавать в любом случае.
http://minrd.gov.ua/zakonodavstvo/podatkov...-dps/61993.html

Хорошо, уже не подала, пыталась, но программа пустые реестры не шлет. За декларацию по НДС квитанцию о принятии не прислали, говорят, что принята к сведению. Ничего болше не объясняют, в ответ на вопрос, что делать дальше, говорят, ничего не делайте. Декларацию налоговая получила, это они по телефону подтверждают, но квитанции у меня нет. Что теперь? Какой штраф?

Штраф в Вашем случае - только административный, за непредоставление реестра, т.е. нарушение правил налогового учета, который может быть применен в пределах 2 месячного срока от даты совершения нарушения.
По поводу Вашей ответственности за подачу именно декларации (не реестра): хоть какое-то подтверждение отправки деки электронкой у Вас есть? (Практика принятия к сведению давно запрещена). Письменного отказа, уведомления о непринятии деки нет? Если так, то читаем Налоговый кодекс-
За умови дотримання вимог, встановлених статтями 48 і 49 цього Кодексу податкова декларація, надана платником, також вважається прийнятою: 49.9.1. за наявності... квитанції про отримання податкової декларації у разі її подання засобами електронного зв'язку,
49.9.2. у разі, якщо контролюючий орган із дотриманням вимог пункту 49.11 цієї статті не надає платнику податків повідомлення про відмову у прийнятті податкової декларації або у випадках, визначених цим пунктом, не надсилає його платнику податків у встановлений цією статтею строк.
Ну и дальше по тексту НКУ: п.п.49.11; 49.11.1, 49.15.
Если нет подтверждения отправки - подайте письменный запрос.