Частный предприниматель превысил лимит в 500 000 грн. Что ему за это грозит?

Переход на общую систему с ближайшего квартала и регистрация плательщиком НДС. См. : http://www.chp.com.ua/konsult_164.php

Скажите, на сколько реально вообще занизить сумму своей выручки чтобы не превысить лимит? работаем без счета в банке, покупателю выдаем чек, но себе экземпляр не оставляем.

Зависит от того, кто покупатель - простые граждане или предприятия и СПД. Если граждане, то пока за руку налоговики не поймают - можно в Книгу не включать (если поймают - штраф в 5-кратном размере от суммы неоприходованной выручки).
С предприятиями сложнее, они эту суму могут показать в 1ДФ, лучше не рисковать.